La Dirección de Laboratorios de la Sede Medellín se creó con el objeto de promover el desarrollo de los laboratorios, facilitar la interacción entre ellos y aportar conocimientos y tecnología para mejorar su contribución a la comunidad. Esta dependencia se constituyó oficialmente en Septiembre de 2004, comenzando su actividad dentro del marco del proyecto Sistema Nacional de Laboratorios.